Ya la Junta Central Gubernativa había declarado el 22 de agosto de 1844 “Traidores de la Patria” a Juan Pablo Duarte, Francisco del Rosario Sánchez y Matías Ramón Mella, así como a Pedro Alejandrino Pina, Gregorio del Valle, Juan Evangelista Jiménez, Juan José Illias y Juan Isidro Pérez, ex-secretario de la Junta, a quienes condenaron al destierro a perpetuidad.

Días sombríos acompañaron la existencia de la familia Duarte, a la que la vida le había jugado momentos crueles y difíciles, sometiéndose a separaciones que cuando no obedecían al orden natural, respondían al designio y al apostolado que sobre ellos había decretado el orden político.

El 10 de septiembre de 1844, por decreto de la Junta Central Gubernativa encabezada por Santana, Duarte es desterrado con destino a Hamburgo y obligado a abordar una goleta que lo condujo hacia el destierro, junto con Pérez y los hermanos Richiez, quienes conjuntamente con Vicente Celestino Duarte y su hijo Enrique, tuvieron que ayudar a Juan Pablo, pues sus piernas débiles por la pesada carga de la enfermedad y la tristeza no le permitían caminar.

El 26 de octubre llega al puerto de Hamburgo, muy aquejado, donde permaneció hasta el 30 de noviembre.

El 24 de diciembre arriba a la isla de Saint Thomas, luego viajaría a Venezuela, donde permanecería por muchos años y no retornaría a su República Dominicana sino casi 20 años después, para ofrecer su espada en la gloriosa guerra restauradora.